Każda czakra jest specyficznym obiektem medytacji. W początkowym okresie praktyki z czakrami korzystnie jest ograniczyć się do jednej konkretnej czakry w ciągu jednej sesji bądź jednego cyklu sesji. Do medytacji na czakry można zastosować podejście Yang – poprzez różnorodną stymulację, „otwieranie” czakr – oraz podejście Yin – wyciszanie ich, „zamykanie”. Balans tych podejść jest niezmiernie owocny, przy czym oczywiście najlepiej jest zacząć i kończyć na wyciszaniu, ktore wygasza aktywność engramów.

Jest to bardzo pomocne szczególnie wtedy, gdy z daną czakrą łączą się engramy. Skupienie uwagi na jednym centrum świadomości pomaga w bezpiecznym rozładowaniu chaotycznych energii, po kolei we wszystkich ośrodkach.

Istotą tej medytacji jest skupienie Qi i Uważności na danej czakrze, poprzez uświadamianie sobie punktu lub punktów akupunktury, jakie jej odpowiadają, wizualizację jej jantry, śpiewanie mantry bądź uświadamianie sobie przepływu oddechu i Qi przez daną czakrę. W miarę praktyki znika wrażenie wysiłku związanego ze skupieniem i staje się ono naturalnym, bezwysiłkowym stanem umysłu. Koncentracja może być twardo ukierunkowana na konkretny punkt, albo rozproszona dla wyczucia sfery energii generowanej przez czakrę. Średnica punktów akupunktury zależy od skupionej na nich Qi i Uważności. Daje to możliwość diagnozowania obecności engramów bądź określania poziomu koncentracji.

W medytacji na czakry zazwyczaj używa się afirmacji, czyli powtarzanych fraz mających służyć jako pozytywna autosugestia. Istotą efektywnej afirmacji nie jest jednak sam pozytywny program, ale dotarcie do negatywnych treści płynących z reaktywowanych przez niego engramów.

Wiele energii poświęcono na obudowywanie pierwotnych blokad werbalnym interface’em, jakim jest programowanie neurolingwistyczne. Ten wtórny mechanizm staje się zbędnym wydatkiem energii, gdy usunie się blokady stojące na drodze manifestacji Woli.

Dodatkowo afirmacje wykorzystują i rozbudowują podstawowy engram identyfikacji z etykietką jaką nadaje nam otoczenie – nabytym ego. Są zatem kruchym fundamentem drogi życiowej, szczególnie wtedy, gdy wyłania się spod bagażu społecznie pożądanych identyfikacji ostateczna samoświadomość Jaźni.

Treści jakie się pojawiają w świadomości podczas tej medytacji mogą być ekstatycznie pozytywne jak i katarktycznie negatywne. W obu tych skrajnościach zdrowe – choć niekonieczne, jeśli cel medytacji jest głębszy – jest zachowanie dystansu do nich.